Τα συμβατικά εμφυτεύματα δεν αποτελούν πάντα την βέλτιστη λύση για ένα χειρουργικό περιστατικό ή πολλές φορές δεν είναι δυνατή η παραγωγή τους λόγω της πληθώρας γεωμετριών ανά χειρουργικό περιστατικό. Σε αυτή την περίπτωση η τρισδιάστατη εκτύπωση μπορεί να δώσει τη λύση με εξατομικευμένα εμφυτεύματα που σχεδιάζονται και υλοποιούνται από την αρχή για τη χρήση τους σε έναν και μόνο ασθενή.

Παραδείγματα αυτών συμπεριλαμβάνουν τα εμφυτεύματα για την ανακατασκευή οστών του οφθαλμικού κόγχου, τα εμφυτεύματα-οδηγούς για την οστική αναγέννηση της γνάθου πριν από την εισαγωγή οδοντικών εμφυτευμάτων, την αποκατάσταση της γνάθου με εμφύτευμα ή ελλειμάτων της με μόσχευμα της περόνης και τα ανατομικά εμφυτεύματα κρανίου.