Η τρισδιάστατη αναπαράσταση και εκτύπωση έχει τη δυνατότητα να παράγει ακριβείς χειρουργικούς οδηγούς με βάση τα χειρουργικά εργαλεία και τα εμφυτεύματα που πρόκειται να χρησιμοποιηθούν οι οποίοι θα εφαρμόζουν απόλυτα σε έναν και μόνο ασθενή. Οι χειρουργικοί οδηγοί επιτρέπουν την πραγματοποίηση δύσκολων χειρουργικών διαδικασιών χωρίς περιθώρια λάθους, τη μείωση των απαιτούμενων χρόνων τους, τη μείωση της απώλειας αίματος του ασθενή, καθώς και την αύξηση των δυνατοτήτων των χειρουργικών επεμβάσεων.

Ένα αντιπροσωπευτικό παράδειγμα είναι η ανακατασκευή της κάτω γνάθου με χρήση τμημάτων του οστού της περόνης. Η τρισδιάστατη εκτύπωση μπορεί να προσφέρει χειρουργικούς οδηγούς για ολόκληρη τη διαδικασία της επέμβασης: αφαίρεση των συγκεκριμένων τμημάτων της περόνης σε γεωμετρίες ώστε να εφαρμόσουν τέλεια στην κάτω γνάθο του ασθενή και προ-δημιουργία οπών σε αυτά για την ακριβή τοποθέτηση της πλάκας οστεοσύνθεσης.